1954년 경감제도가 폐지되고 대무인정(代務認定) 제도가 도입됨에 따라, 해기사는 1년간 1계급 아래의 해기면허로 대무를 수행하되 해당 기간 내 상위 직급 시험에 합격하지 못할 경우 재차 대무인정을 받을 수 없게 되었습니다. 이러한 제도 변화에 대응하고 현장 해기사의 권익을 보호하기 위한 단체의 필요성이 제기되면서, 해기사들은 1954년 7월부터 여러 차례 모임을 갖고 대책을 논의하였습니다. 이후 같은 해 8월 4일, 67명의 해기사가 모여 대한해원협회 창립총회를 개최하였으며, 초대 회장으로 양우갑 회장이 선출되면서 협회의 역사가 시작되었습니다.

해방 이후 협회는 해운 전문인력 양성과 실무 기술정보 보급, 국내외 해사 관련 제도 및 국제기준에 대한 조사·연구 활동을 지속적으로 추진해 왔습니다.
1966년에는 승선 중인 해기사들에게 최신 정보를 제공하기 위해 월간 「해기회보」를 창간하였으며, 1972년 9월부터는 현재의 「해기지」 형태로 개편하여 발행함으로써 해기사의 전문성 향상과 정보 교류에 기여하고 있습니다.

1972년 10월에는 현재 한국선원복지고용센터의 전신이 된 해기원수급협의회를 설치·운영하여 해기사 수급의 기반을 마련하였으며, 협회 부설로 현재 한국해양수산연수원의 전신이라 할 수 있는 해기사연수원을 설립하여 해기사 교육과 실무 역량 강화를 위한 교육 및 자료 보급에 힘써 왔습니다.
또한 해기사 복지 관련 업무와 해기사 시험문제 제공 등 다양한 지원사업을 추진하였으며, 한국해양수산연수원과의 협력을 바탕으로 2008년 7월 민원센터를 개소하였습니다. 이를 통해 교육훈련 이수증서 발급, 해기사 시험원서 접수, 승무경력증명서 발급, 해기사 면허 갱신 등 다양한 민원 서비스를 제공하며 해기사 지원에 기여하고 있습니다.